Под виндой у меня работал µTorrent. И хорошо работал
На Debian есть тоже интересные варианты:

• µTorrent под wine — вариант для ленивых консерваторов. Неплохо даже работает, на оффсайте пишут, что можно использовать в wine
  
• Deluge — PyQT клиент, написанный под впеателнием µTorrent. Уже похож на него во многом. Правда памяти кушает многовато
  
• TorrentFlux, kTorrent и прочая мелочь — лучше её не трогать
  
• Transmission — консольный клиент. Маленький, быстрый. Один процесс — один файл. Раньше именно он у меня крутился на платном хостинге в количестве трех штук и качал/раздавал много чего. Еще я правил его исходники для filepost.ru для поддержки MySQL и удаленного управления. Потом его же доделал и забрал себе на хостинг. Вобщем он всегда будет жить в наших сердцах. А еще вроде у него и GUI есть, но я не видел
  
• rTorrent — еще один консольный. Но по возможностям шире чем Transmission. При этом очень шустрый и нетребовательный к ресурсам. Я даже его запускал на роутере и он там шустро бегал. Может собираться с поддержкой XMLRPC, что позволяет клепать к нему GUI. Поиском обнаружил почти десяток интерфейсов. О них потом.
  

Пока остановился на rTorrent. Из фич пока не хватает шедулера по дням (по часам есть) и указания точного имени сохраняемого файла (можно обойтись симлинками)
Поднимается при старте, висит в фоне и кушает торренты из папки