Комендантское кладбище находится на небольшом пятачке у восточного фасада Петропавловского собора. Здесь похоронены девятнадцать из тридцати двух комендантов крепости. Должность эта была почетной и часто пожизненной, на нее назначались императорами особо доверенные лица.

В 1966 году под руководством археолога А.Д.Грача начались исследования старинного кладбища. Удалось найти захоронение первого из погребенных здесь обер-комендантов крепости шотландца Р.В.Брюса - близкого сподвижника Петра Великого. В 1979 году обнаружены склепы двух следующих комендантов - М.О.Чемезова и Я.Х.Бахмиотова.