Режиссер Лилли Вачовски, создавшая вселенную «Матрицы», раскрыла главную идею фильма — в центре всей истории лежит аллегория о трансгендерной идентичности.

«Весь фильм был о желании трансформации, но он не говорил об этом прямо. Это был изначальный смысл, и я рада, что это выяснилось».

Дискомфорт, с которым сталкивается Нео в реальности — это метафора на гендерную дисфорию, когда человек не может принять свой гендерный статус мужчины или женщины. При этом знаменитую «красную таблетку», помогающую ему увидеть истину мира, сравнивают с приемом эстрогена.