Вирус может быть на карте памяти - можно подсоединить ее через кардридер и прогнать обычным антивирусником.
Если вирус в системе виндовс-мобайл - есть специальные антивирусники под конкретные системы, используемые телефонами. Сам не пользовал, погугли, поищи.
Но сначала проверь карту памяти.