В KDE4 можно развешить теги на файлы
Не ясно как глубоко это заложено в систему, но факт есть
В винде это ждали в Висте, но WinFS кануло куда-то в нехорошее место
А жаль

С другой стороны, на NTFS к любому файлу можно прицепит альтернативный поток и писать туда что угодно (дешевый способ прятать секретные данные. Правда только от недалеких людей. Или KAV туда пишет данные последней проверки и чексуммы). Но интерпретировать, опять таки, кроме создателя никто не сможет