За что мне еще нравится Линукс, так это за подход к размещению приложений: бинарники отдельно, настройки отдельно. Пусть даже бинарники расползаются в /bin, /usr, /usr/local, /lib, /usr/lib и ищи их потом с фонариком по всему диску, если надо ручками заменить библиотеку, то настройки четко оседают в /etc или $HOME.

Так что для бэкапа системы совершенно не требуется делать копию всего диска (на всякий случай). Достаточно иметь копию /etc, /home (правильно его делать отдельным разделом) и /var для специфичных серверных приложений.

Майкрософт в своё время жутко распустил пользователей, так что все сидят под админами или с правами админа. Программописатели тоже исходят из того факта, что обычный пользователь всегда имеет доступ в Windows  и Program Files и HKEY_LOCAL_MACHINE.

Так в целом очень даже  неплохая система прав в NT не работает. А когда в Висте попытались эти гайки закрутить, то все взвыли, потому что каждый шаг требует подтверждения. И ведь по правильному тоже не получается: программы-то не спешат переписывать.

Лет десять назад Майкрософт рекомендовало хранить все настройки в реестре, в хайве HKEY_CURRENT_USER, но сейчас уже хорошим тоном считается хранить настройки в Application Data (правда админские системные конфиги всё равно рекомендуют держать в реестре). Теперь бы еще дождаться появления аналога /var и будет еще капельку лучше.