В 273 г. войска римского императора Аврелиана захватили Александрию и разрушили здание Мусейона. Учёные переправили уцелевшие рукописи и приборы в храм Сераписа, где продолжали свою работу. В 391 г. этот новый научный центр был разрушен и сожжён христианами-фанатиками с благословения императора Феодосия I.


В 642 г. арабский полководец халиф Омар, захватив Александрию, приказал сжечь всё, что ещё уцелело из этого огромного собрания. «Если в книгах сказано не то, что в Коране, их следует уничтожить. А если сказано то же самое, то они не нужны», — рассудил он. Так окончательно погибла величайшая духовная сокровищница античности и раннего Средневековья.