Du, dein и dir пишут с маленькой буквы или где?

Из уважения пишут с заглавной.
В классическом с маленькой.
А божества - они заглавные заслужили.
В переводе этом логика не соблюдается.

из уважения вроде Sie должно быть, а не du. Мне по началу выносило мозг, что Sie это и она, и Вы, и они. Пиздец.

Из уважения - это Ты. Вы естественно тоже. Но если уже общаешься с человеком на ты и хочешь выразить ему своё уважение, то используешь заглавную.

скажи, а в "-er", например в muter, vater, der озвучивают "р" или зависит от диалекта?

От диалекта, от региона.
Кто-то чётко выговаривает -r, -er, кто-то превращает в а, типа Mutta, Vata, Kinda.

а классическое вроде именно Mutta. Vatta, ea, dea, нет?

Нет. Это конечно что-то между, но всё-таки ближе к r.
Это нечто вроде игры языком, когда появилось понимание и чувство.
В начале ничем подобным не пахнет, поэтому бы я четко и правильно выговаривал.
А выкрутасы со временем проявятся.

вот. спасибо, дружище!