Если приходится обрабатывать большой файл, с множеством слоёв (которые, как известно, каждый отдельное изображение, увеличивающее вес), то можно все статичные слои (законченные, или не участвующие в обработке), перенести в отдельный PSD файл, сохранить его на диске и закрыть. Можно создать, несколько таких файлов и открыть их уже в конце, при окончательном сведении изображения.