Сюжет игры начинается в маленьком мирке, почти целиком заполненном водой. Только один небольшой остров - на котором рыбацкая деревня, городок и замок местного короля (у которого так мало подданных, что он всех в лицо знает). И больше - никого на всём свете.
Главный герой - сын местного героического рыбака - молчаливый пацанёнок в зелёной куртке а-ля Линк. Его друзья - непутёвый принц Кифер, старательно пытающийся найти приключений на этом клочке земли, и подруга детства Марибель. Втроём они раскапывают и запускают магический механизм в древних руинах. Этот механизм переносит их на много веков в прошлое, да ещё и на какой-то другой остров (который тогда, оказывается, существовал).
Скоро они понимают - что много лет назад этот отсров был уничтожен. И они - могут предотвратить его уничтожение в прошлом, чтобы он появился в будущем.
Только остров такой не один - а двадцать.

Так и идёт игра: Герои прибывают на очередной остров в очередном временном отрезке, разбираются, что там такое стряслось, и как это предотвратить. Предотвращают. Потом возвращаются назад, дабы убедиться, что за прошедшие века больше никакие монстры-вулканы-болезни на остров не посягнули. И летят на следующий, понемногу восстанавливая мир.

Каждый остров - своя история. Все истории - многоходовки. То есть сразу не понятно, что там произошло, и обычно ближе к концу какая-никакая попытка сделать неожиданный поворот.
Есть лавстори, и очень хорошо сделаные. Есть грустные истории, есть закосы под драму, есть наоборот с глумом. Часто истории продолжаются и в будущем, нередко переплетаются при переносе людей и предметов в разые премена.
Очень много персонажей. У многих вполне приятно прописаны характеры. Авторы явно подразумевали, что игроки всех этих персонажей во всех временах запомнят. Как японцы без сюшена это проходили, я не понимаю.

Очень много всего прокачивается в игре. Игроки могу отстроить с нуля и прокачать словй личный город, сделать и населить зоопарк/донжон монстров, прокачать своему персу все секретные профессии и смотреть, как тот самостоятельно ведёт бой, применяя все выученые связки. Много всяких любопытных штучек-дрючек, которые нужно собирать и отыскивать, безумное количество секретов, которые сидят на других секретах и третьими секреатми погоняют, гигантские количества мелочей - всё-таки в этой игре не один и не два полноценных мира, а несколько десятков.
Игра огромна. Если бы даггерфол делали бы японцы - у них бы вышел седьмой драгонквест.