Уровни сделали вертикальней. В MGS2 можно было разве что свеситься с поручней. Теперь же позволяют взбираться на некоторые деревья.
Глушители изнашиваются. В MGS2 ближний бой был практически бессмысленный, легче было выстрелить в противника из пистолета с глушителем. Теперь заставляют чаще прибегать к рукопашной. К тому же, арсенал приемов расширили.
Снейку теперь необходимо питаться. Появилась линейка “выносливости”, фактически – сытости. Накапливать еду помногу нельзя – она портится. Плюс есть еда вкусная и не очень. Змеи – не вкусные. Все, что Снейк успел попробовать записано в блокноте. Зато теперь есть регенерация.
Добавили камуфляж. Отдельно на лицо и форму. Хорошо закомуфлированный Снейк в траве практически незаметен для противников. Звучит сложно, на деле, игра подсказывает, сколько процентов “маскировки” принесет каждый из доступных камуфляжей в данный момент.
Радат теперь не бесконечный, работает от батареек, не показывает стены, и его нужно экипировать. Одним словом, нафиг такой радар.

По сюжету:
Сложно браться за игру, когда основной сюжетный поворот тебе уже заспойлерили. Но тем не менее.
Снейка, который не Solid Snake, а его предок, закидывают куда-то в джунгли России на границе с Пакистаном (sic!). Где-то там держат академика Sokolov’а, отца советской ракетной программы. Он уже один раз бежал на Запад через Берлин, но грянул Кубинский Кризис, и американцы его сдали обратно.
Консультантом операции выступает The Boss, ветеран SAS и герой Второй Мировой, матерая тетка лет сорока, которая была у Снейка как минимум инструктором по ближнему бою.
За Соколовым ведет охоту полковник ГРУ Volgin, так же известный как Thunderbolt. Он намерен свергнуть Хрущева, потому что экстремист. Ocelot – еще только молодой русский майор ГРУ. Молодой, но в своих уже стреляет. Правда пока из Макарова, а не из револьвера.