Механика взята из Snake Eater’а, что конечно хорошо. Во-первых, это расширенная система ближнего боя. Во-вторых, карта, на которой помечены цели.
А вот на что PSP не хватило, так это на озвучку персонажей.
Игра теперь разбита на миссии, каждая размером в одну локацию. С собой Снейк может взять всего четыре предмета, которые так же распределяются перед миссией.
У Снейка на миссии могут быть еще три спутника, как бы это ни было странно. Управлять можно только одним, остальные в это время прячутся в коробках, причем их коробки видно. Чтобы находить себе новых спутников достаточно оглушать противников и оттаскивать их либо к грузовичку, либо к одному из затаившихся сообщников.

По сюжету:
Шесть лет назад, после событий Snake Eater он ушел из FOX. Теперь он просыпается в камере, где его допрашивает некий Cunningham. Подразделение FOX под командованием некоего Gene’а не нашло ничего лучше, как захватить советскую базу где-то на побережье Колумбии. FOX хотят знать, где вторая часть денег Philosopher’s Legacy.
Сокамерником Снейка оказывается молодой Roy Campbell, который будет затем советчиком другого Снейка в первом Metal Gear Solid.
Связываемся с душкой Para-Medic. Major Zero был взят под стражу, по подозрению в том, что это он организовал захват базы. Снейк так же под подозрением. На подкрепление рассчитывать не приходится.
Берем в плен случайного солдата. Тот рассказывает, что Gene хочет создать свою страну, с блэкджеком и шлюхами.
Рой подхватывает малярию. Рыскаем по базам в поисках лекарств. Находим суперсолдата Null, которого держат в анабиозе большую часть времени. Так же встречаем двух сестер, Elisa’у и Ursula’у. Elisa – медик, следящая за здоровьем Null’а. Ursula – правая рука Gene’а благодаря своей способности предсказывать будущее.