Возможно, первичным звуком был љ. Затем, в соседстве с носовыми гласными, произошла ассимиляция љ в њ.
Так получились:
- лат. nomen "имя", в параллель с хет. laman "имя", исп. llamar "звать";
- др.-англ. niman "брать, принимать", в параллель с исп. llama "болото у источника", др.-греч. λίμνη "водоём: лиман, болото, озеро, море".
Поэтому сосуществуют родственные формы яма (тяготеющая к llama при наличии диал. няма) и пойма (тяготеющая к niman при наличии ильм* - дерево растущее в поймах рек**).
Вне соседства с носовыми љ устойчив: бољарин, но нет аналогов типа боњарин.
Далее оба палатальных звука проявили тенденции к расщеплению: љ > й, ль; њ > й, нь.

љѧ > {[ʎę], [ɲę]}, [ɫę] > {[lę], [ję]}; [ɲę] > {[nę], [ję]}:

*баљѧти > баять, балить; баня, банька < байня, баенка (Даль);

*љѧти, -љимати > ѩти, имати, -нимать, -нять;
*љѧти, -љимати > љименъ, пољма > лименъ, пойма; иљм > ильм, ильмень; llama, ѩма, диал. няма, яма;

*њѧ > ѩ > {[ja], [ne]};
*њѧ > [na], [ne], [ni]:

*њѧръ > ѩръ, [nar];
*њѧдра > ѩдра, нѣдра.

* Фасмер:
илем, род. п. и́льма м., также и́льма ж. "вяз", укр. íлем, iльм, льом, др.-русск. илемъ (Никон. летоп.), чеш. jilem, jilm, польск. ilm, ilem, также ilma, н.-луж. lom, полаб. jelm. Чрезвычайно распространено в русск. местн. назв.; Илемно, Илемна, Илемка, также река Елемка, (бывш.) Крестцовск. у. Новгор. губ.; см. ZfslPh 15, 452. Вероятно, родственно лат. ulmus, д.-в.-н. elmboum, ср.-в.-н. ilme, др.-исл. almr, англ. elm; см. уже у Педерсена (KZ 38, 313 и сл.). Распространено мнение о заимств. из ср.-в.-н. ilme, ilmpaum "вяз"; см. Бернекер 1, 424 и сл.; Уленбек, AfslPh 15, 487; Ляпунов 78 и сл.
Можно согласиться с заимствованием др.-рус. илемъ из ср.-в.-н. ilme в связи с начальным гласным, не характерным для слав. (ср. с лось и Elch), полагая исходную форму названия дерева lim- с родственным др.-греч. λίμνη "водоём, лиман". Ср. др.-рус. лименъ "лиман", ильмень "небольшое озеро, остающееся после половодья" (Волга, Дон и множество др. рек Восточной Европы).
Или надо допустить приставку "и-" (как в иволга), в любом случае, беглость гласного в корне говорит о Ь в корне, а не Е.

** Наиболее успешно растет на супесчаных и легкосуглинистых, свежих и влажных пойменных почвах, а в лесной зоне вне речных поим — на участках с близким залеганием грунтовых вод, содержащих известь.
Источник: http://www.activestudy.info/arealy-...-svojstva-ilma/ © Зооинженерный факультет МСХА
Также:
Даже в поймах крупных рек, где И. нередко формируют чистые насаждения, их произрастание обычно связано с узкой полосой, отличающейся наиб. изменчивым водным режимом, на стыке пойменных дубрав и зарослей ив или ольхи.
Источник: http://old.forest.ru/rus/basics/glo...ticles/ilm.html
Из последнего следует, что ильмовая поросль окаймляет ильмени.