Окей, я уже десять раз ее разбирал со всех вообще сторон. Но - мне это нравится. Поэтому страдайте.
Но я буду совсем краток.

Итак есть архитектор - пытающийся добиться баланса. Есть пифия, которая в вечном противостоянии с архитектором и пытается баланс расшатать.

Архитектор приходит к совершенно логичной системе "избранных", которая успешно вписывает в себя и матрицу и зион и все довольны. Пифия находит человека, который действует контринтуитивно и всегда всем противоречит - Нео - и выдает ему практически неограниченные админские права. После чего заявляет ему, что он нифига не избранный и вообще иди отсюда мальчик. Что делает этот человек? Начинает ей противоречить, пользуется своим доступом и ломает всю систему нахрен, от чего вымирает все население зиона и чуть не вымирает все вообще человечество.

То есть, к чему я сейчас веду?
К тому, что Пифия - это на самом деле злодей всей трилогии. Она фактически машина разрушения, и она использовала для этой цели Нео, и успешно своих целей добилась.

Но, все не так прямолинейно. Потому что Пифия - это необходимое зло. Она была создана, потому что без нее система вообще не работала. То есть она не тот злодей, который там кого-то предал чтобы стать злодеем, она не злодей, действующих в личных корыстных интересах. Нет - она злодей, потому что силы добра (ну, ок, порядка) изначально создали ее, чтобы она была злодеем, все отлично ее суть знают и поощряют ее деструктивную деятельность.

И это на самом деле очень умная концепция, очень в любимом мной азиатском стиле, и прекрасно вписывается в индуизм и его идеи предрасположенности, где злодей отлично знает что он злодей и все вокруг знают что он злодей, но у него есть судьба, карма, и он ей следует, И ЭТО ПРАВИЛЬНО.
А, да, и архитектор и пифия это очевидные инь и янь, порядок и свобода, создающие друг друга и враждующие друг с другом. Но это наверное и так очевидно, нэ?

И пользуясь случаем, повторю - я продолжаю стоять на своем, что вся трилогия Матрицы совершенно логична, там есть идиотия в мелочах, но все основные поступки и мотивации сходятся в единую концепцию, которая все объясняет, и что никаких вообще нестыковок и чудес там нет, и это вот крайне редкий случай среди голливудской фантастики, когда объяснено совершенно все, многое даже с жертвами в драматургии. И те люди, которые считают, будто бы "концепция начала разваливаться ко второй и третьей частям" просто нихера не поняли.