Еще одна известная фраза, которая оказалась опровергнута позже.

Основной смысл этой фразы в том, что во времена Эйнштейна еще не появилась квантовая механика с функциями и операторами (я об этом писал ниже), но уже появилась термодинамика. И термодинамика (описывающая поведение молекул, и иногда атомов, но не частиц) тоже с большим скрипом стыковалась с ньютоновской динамикой.

Ну то есть молекулы, в отличие от частиц, не скачут с места на место подпространственными прыжками, они не получают информацию из будущего, как частицы, они не нарушают сохранения энергии и они в теории позволяют узнать о них полную информацию.
НО:
1) Молекулы, в отличие от объектов динамики (шариков и шестеренок) стремятся к нарастающей энтропии. На молекулярном уровне мы можем увидеть расходящиеся волны от броска камня, но не увидим сходящихся волн перед вынырнувшим камнем. То есть термодинамика по разному себя ведет в обычном времени и в обратном. В то время как объекты динамики (опять же - шарики и шестеренки в идеальном механизме) ведут себя совершенно одинаково, независимо от того, вперед идет время или назад.

2) Из-за огромного количества молекул, термодинамика вынуждена оперировать не отдельными объектами, а веществами и материями. И мы не способны точно предсказать поведение вещества, поэтому термодинамика оперирует не только числами, но и вероятностями. Из этой второй проблемы следовал спор, работает ли вообще термодинамика так же как и обычная механика или проще говоря - это только мы вынуждены считать вероятности (то есть "бросать кости") когда определяем, как поведет себя вещество, или условный бог тоже их бросает? То есть в самом хардкоде вселенной содержатся ли точные положения всех молекул и атомов, либо содержатся их вероятности?

Фразой "Бог не играет в кости" Эйшнштейн утверждал, что вероятности в термодинамике - это вынужденный костыль, которым нам приходится пользоваться, потому что мы не знаем всех положений всех атомов, однако в реальности эти положения есть. Этого убеждения Эйнштейн придерживался до смерти.
Однако квантовая механика опровергла его, и сейчас мы знаем, что из-за неопределенного положения атомных частиц - не определено и положение молекул.
То есть бог все-таки играет в кости.