В процессе ядерных испытаний (или имеется ввиду хиросима-нагасаки?) в 1945 году появляются духи, тусующиеся в двух ложах - злые в черной, добрые в белой. Самый главный злой дух называется Джуди, и его какбы главный сайдкик - Боб. Джуди держит в плену некий "Пожарный". В попытке остановить Боба он формирует дух Лоры Палмер.

Боб принимается террориризировать городок Твин Пикс, вселяясь там в разных людей и совершая убийства. Этим заинтересовываются федеральные власти и создают паранормальный отдел "Синяя Роза", однако Боб успешно разбирается с агентами.

Сильнее всего Боба притягивает Лора (которая какбы изначально создана как ловушка для него), Боб хочет использовать ее как свое основное тело. Лора сопротивляется его влиянию и пускается во все тяжкие, принимает наркотики, спит с кем попало. Далее Лора получает кольцо с +5 защитой от духов. Боб, понимая, что его план провалился, захватывает тело ее отца и убивает Лору.

Снова приезжают федералы, они успешно изгоняют Боба из тела отца Лоры, однако тот (Боб) заманивает дух агента Синей Розы - Купера - в Черную Ложу и захватывает его тело.

Таймскип на 25 лет. За это время дух Купера проходит процесс Суда там местными паранормальными силами, и ему объявляется, что он должен вернуть Боба (который в теле Купера называется "доппельгангером" ака "Мистером С") назад в Ложу, и тогда сможет вернуться к обычной жизни.

Далее артефактами и ритуалами Купер-Боб пытается вытащить в реальный мир Джуди (которая заперта там в чем-то типо паранормальной клетки "Пурпурное Море"), а Купер-неБоб и прочие герои там Синяя Роза итд - ему помешать.

В результате Боба уничтожают. Правда надо еще грохнуть Джуди, для чего Купер возвращается назад в прошлое в день смерти Лоры, там предотвращает ее смерть, потом летит в менее далекое прошлое в день когда он вылез из Черной Ложи и находит там взрослую Лору (которая не была убита в этой временной линии), однако оказывается что он вообще в кардинально другой временной линии, где Лора вообще прожила полностью другую жизнь под другим именем (в последние минуты третьего сезона она резко получает все знания о себе из своей оригинальной временной линии и приходит в ужас).

При этом Джуди частично заперта в Пурпурном Море, а частично внутри головы матери Лоры. И видимо воевать с Джуди Купер будет уже где-то в четвертом сезоне, если Линч к тому времени не загнется.