Жила-была высокотехнологическая цивилизация древних существ, которые испытывали презрение к жизни и вообще любым физическим ощущениям, считая, что важен только разум.
Поэтому они стремились создать матрицу и переписать туда свои сознания, освободившись от физических тел (которые они судя по всему ненавидели). В процессе они активно создавали других разумных существ, которых использовали как рабов и вещи, не считая их равными себе. В какой-то момент эти древние создали искомую сеть и все благополучно туда ретировались. После себя они оставили чудовищные заводы, которые продолжали штамповать гомункулов, все более выходя из строя.
Отдельный завод продолжал штамповать и самих же древних, потому что убывшим было совершенно наплевать на оставшихся. Спустя много лет, когда все это совершенно проржавело, рождается один из двух героев игры, он пытается сразу же подключиться к сети, однако дряхлый механизм взрывается и накрывает героя волной мутагена. Тогда он находит второго персонажа, одного из представителей низших рас и они вступают во взаимовыгодный симбиоз и уже вместе идут к входу в матрицу. Однако ближе к концу второй (низший) хирургически вырезает из себя первого и пытается улететь в матрицу сам, но первый (высший) совсем в финале его подлавливают и мстит и короче никто ничего не получает.

Слово "Scorn" вообще переводится как "презрение".