Действие игры идет после апокалипсиса.
Мы играем членом Ордена Малхута (это название обычного нашего физического мира в Каббале). Орден интересен тем, что в какой-то момент его члены обнаружили местного бога и отстроили вокруг него огромную техногенную башню. Для защиты.
Во главе ордена стоял ангел, и теперь он винит нас (игрока) за уничтожение мира. По его мнению этот постапокалиптический мир ужасен, и нам нужно прекратить его мучения - забраться наверх башни и пристрелить бога особым ружьем. Это считается какбы "искуплением грехов" для нас.

Большая часть того что говорит ангел - вранье. Он обычный человек, который в свое время сошел с ума от общения с богом (не он первый, не он и последний) и решил, что если выстрелом выбить из того особую артефактную сферу, можно ее использовать чтобы перестроить мир как надо.
Башню культисты отстроили для этого процесса, они там проводили над богом эксперименты, в основном чудовищные, пытаясь вытянуть из него силы (вы удивитесь, насколько это привычная тема для японских игр).

Однако потом от культистов отделилась группа еще более безумных культистов, которые решили что надо вмутировать внутрь бога одного из своих членов, чтобы тот стал какбы получеловеком и смог нормально общаться с окружающими. Короче они решили что надо прийти к взаимопониманию какому-то.
И когда они этот процесс мутации запустили, во-первых мир накрыло апокалипсисом. Во-вторых получилось какбы два полубога получеловека, их обоих культисты схватили, одного заперли в башне, а второму стерли память, и мы им как раз играем.

В результате брата слэш полубога можно пристрелить, но это не помогает. И там есть набор концовок, большая часть из которых в попытках так или иначе "починить бога", и в самой сложной концовке игра заявляет, что мир (и его бога тоже) не исправить, потому что он ужасен, это его нормальное состояние, и надо это признать и принять как есть. Нечего исправлять, оно все и так идеально, как и задумывалось. Такие дела.