Действие третьей части, MGS - Metal Gear Solid 3: Snake Eater происходит до начала предыдущих частей, соответственно, смерть Снейка (или Оцелота) создаёт временной парадокс, так как, если он умирает в третьей, значит становится невозможным существование первых двух, а тогда и третья - уже не третья.

Соответственно, вместо экрана Game Over появляется сообщение Time Paradox.