Чото я совсем забыл, что в стары играх главным источником информаци о сюжете - были надписи на катридже.
Что в результате выходит:
В первой части некие космопираты находили метроидов и пытались с их помощью уничтожить мир (ну да, чем ещё, собствено, заниматься космопиратам) и Самус их останавливала.
Во второй, она прилетала на планету откуда собсно метроиды и появились и вырезала всех под корень (те самые сорок боссов). И всех вырезала кроме одного мелкого.
Этого мелкого она в третьей части сдала в милицию на изучение в лабораторию. Однака вернулись космопираты, лабораторию разнесли, метроида выкрали, ну и вся чехарда пошла с сначала по второму кругу.

Причём мелкого метроида пираты притащили на ту же самую планету, которую Самус разнесла ещё в первой части, отстроив под старой своей базой - ещё одну новую.
Ну чо, вон в соседней серии Мегамен десять раз подряд мочит доктора Вили, а тут тока второй. Так что Самус снова топает на планету, снова её разносит. Мелкий метроид серьёзно так успевает подрасти, вымахав в полэкрана размером, причём привязанность его к героине тожн порядочно вырасла - и чото там он с ней нехорошее делает в процессе, делясь хитпойнтами, когда она при смерти. Зверушка даже жертвует собой чтобы помочь Самус замочить пиратов. Такая драма.

Что по геймплею: Девелоперы поняли что возвращаться к бреду первой части смысла нет и надо налегать на атмосферу. В результате как сами локации так и их флора/фауна сделаны очень даже красиво. Очень много отличных задумок со способностями, паззлами и боссами. Вопще, потом позже во времена GBA все эти задумки начнут широко использоваться кучей девелоперов, но к девяносто четвёртому - у Суперметроида аналогов нет.
Жизни кстати прокачивются теперь уже до полутора тысяч штук.

Сама схема игры во многом повторяет первую часть, но всего в два раза больше. Тогда было два босса открывающие третьего, здесь - четыре открыващие пятого.
Так. Смотрим чо дальше.