Проект каменного Комендантского дома был исполнен военным инженером де Марином. Постройка дома началась в 1743 г. и к концу 1746 была закончена. В Обер-комендантском доме в XIX в. неоднократно происходили допросы и судебные процессы. Здесь зачитали приговор декабристам. В декабре 2003 года в Комендантском доме открылась уникальная современная экспозиция “История С.-Петербурга-Петрограда. 1830-1918 гг.”

По проекту Д. Трезини и инженера де Марина возвели Комендантский дом, типичный образец жилой застройки Петербурга середины XVIII века. В доме находилась квартира коменданта и служебные помещения. Коменданты назначались императором из числа заслуженных военных деятелей, пользовавшихся его особым доверием. Первым комендантом крепости был К.Э.Ренне (1703-1704). В дальнейшем эти обязанности исполняли Р.В.Брюс (1704-1720), Н.И.Зиновьев (1764-1773), А.Я.Сукин (1814-1837), И.Н.Скобелев (1830-1849), И.А.Набоков (1849-1852) и другие. Всего в царское время этот пост занимали 34 человека. Должность коменданта считалась почетной и часто становилась пожизненной. 19 комендантов, скончавшихся на своем посту, погребены на Комендантском кладбище у восточной стены Петропавловского собора