Причин убрать какую-то активную активную программу из Дока, не выключая ее, у вас может быть великое множество - мозолит глаза вам или вашему руководству; это обычный демон, от которого требуется только фоновая работа и т.д. - а вот самый простой способ сделать это - использовать утилиту Dockless.
Это небольшое приложение сканирует жесткий диск вашего компьютера и выводит полный список найденных программ. В нем теперь вы можете указать, будет ли после запуска программа показывать свою иконку в Доке или нет.

Собственно, на этом основные функции Dockless и заканчиваются. В актив приложения остается лишь отнести базовые команды управления приложениями (перезапуск приложения и показ его в Finder'e), а также ручное добавление приложений в список.
Системные требования: Mac OS X 10.4 и выше.
Условия распространения: freeware.
Скачать (200КВ).