Вот, давно хотел такую программу.

Минимизирует любые окна в трэй ("туда, к часикам").


По дефолту добавляет для этого кнопку рядом с обычной:

но это можно настроить. Я эти кнопки лишние убрал, и просто делаю правый клик на обычной кнопке минимизации окна.

Глюков никаких не заметил -- разве что пришлось хоткеи отключить, чтобы не конфликтовали с таковыми в некоторых программах. Бесплатная версия якобы не позволяет сохранять некоторые настройки между запусками, но все, что мне нужно, она сохранила
Качаем (zip) с официального сайта.