Протоссы бегут из родного Aiur’а на Shakuras, родину dark templar’Ов. Пытаются собрать два кристалла, чтобы активировать древний артефакт и изгнать зергов. К ним неожиданно примыкает Керриган, которая вырвалась из под контроля Overmind’а, и хочет предотвратить появление overmind’а нового. Вообще, эта женщина раз за разом оправдывает любые преступления тем, что “находилось в состоянии аффекта”. И ей все прощают. Абсолютно все, включая убийство ключевых персонажей и уничтожение целых планет.

Протоссы в Brood War – это в первую очередь dark templar’ы. Они хороши, если поблизости нет детекторов, что порой случается. Но даже если детекторы есть – они все равно хороши, потому что бьют они очень, очень больно. В остальном, как только появляется такая возможность – строим много carrier’ов, и всех выносим. Не работает это только на последней миссии, но там и не должно.
Все усиленно намекают, что matriach находится под влиянием Керриган. Но не смотря на это план Zeratul’а удается, и активировав артефакт протоссы изгоняют зергов с Shakuras’а.