Сразу на внешний лучше не сохранять, потому что будет та же единственная копия, только на внешнем. Внешний диск можно уронить на пол (я ронял -- диск сдох). Ещё не стоит сохранять на внешний потому, что ты можешь запутаться, какая из копий более свежая, на внешнем или на внутреннем диске. Если файлов много, становится геморройно или вообще нереально отслеживать, что где новее. Лучше иметь одно главное хранилище, например, на диске d:, и с него делать "целиковую" копию всего на внешний диск. Тогда ты точно будешь знать, что на внутреннем всегда свежее.
И ещё совет: если будешь бэкапить специальной прогой, которая я незнаю... жмёт файлы или делает срезы по датам, короче, в своём формате записывает, то периодически проверяй, как оно распаковывается. У людей часто бывали ситуации, что прога глючила, но молча, а когда бэкап понадобился, оказывалось что прога не работала нормально последние N месяцев. Это дико обидно.