Система папок Windows 7 конечно здорово облегчает переустановку. К сожалению, не все программы пользуются этой системой. WinSCP нужно указать не сохранять данные о сессиях в реестре, чтобы он создал INI файл. С NetBeans еще большая беда - он то хранит файлы, но пароли по умолчанию привязываются к ОС.