Quake так называется, потом что изначально игру собирались делать фентезёвой экшн-ролёвкой с готическими мотивами и главным героем, который был аналогом Тора. И звали героя - Квейк.
Позже игра трансформировалась в нечто типо Лафкрафтовское с кучей миров (так что фентези мир стал просто одним из, хотя руны остались от изначальной версии).

Ещё позже оказалось, что движок не поддерживает так много монстров на экране, как, например, Дум, и значит нужно делать их быстрыми и толстыми и стрелять по ним интереснее чем бить молотом.

В результате игра стала тем, что мы знаем.

Quake 2 тоже вообще изначально планировался как совершенно отдельная игра, никак не связанная с прошлой частью. Название заменили ближе к концу разработки.