Если подумать, сюжет Матрицы, это история доминации недовольного меньшинства над довольным большинством. Когда психующие идиоты портят малину всему человечеству.

Ну то есть, мне интересен был бы такой поворот - Нео под конец первой части сообщает всем людям в том смысле что вы все батарейки, вот агенты, вот я летать умею, вот правда.

Машины в ответ - ну, знаешь что, хочешь по плохому - давай по плохому.
И проводят демократические выборы среди всего подключеного к матрице населения.

И говорят, выбирайте одно из двух. Синюю таблетку или красную.

1) Синяя таблетка
Вы забываете произошедшее, плюс мы вам ништяков ещё добавим, погоду получше, пиво дешевле, картофан нажористей, Элвис до сотки проживёт, то сё пятое десятое. Вы остаётесь в матрице, этого летающего выгоняете, пускай там где-то в другом месте летает и не портит систему.

2) Красная таблетка
Не хотите - не надо. Матрица отключается, вы все сливаетесь в отстойник и добро пожаловать на войну с машинами, вам понравится. В бой за свободу вас поведёт вон тот лысый негр и его очкастые друзья-хакеры. Удачи.
Мы оставим в Матрице младенцев, переподключим их, перезагрузим систему и норм. Мы уже десять раз это делали. Не парьтесь, ваших родных младенцев там нет, это чисто наши запасники.

Я короче ставлю на то, что 99% человечества выберут синюю.
Я сам прусь с идеи свободы, но мне вообще не всралось воевать с машинами. Я выберу синюю.

Эта тема, к сожалению, совершенно не раскрыта в фильме. (Ну точнее её касаются, но вот совсем мельком.)
Машины не победят людей. Потому что людей незачем побеждать.
Потому что люди в массе сами с радостью отдадутся машинам.
Самоуправление - это мечта там каких-то редких единиц. Все остальные просто хотят вменяемо жить и заниматься своими делами и интересами. Которых, кроме свободы, полно.

Сплавить весь политическо-управленческий гемор роботам?
Боже, да с удовольствием! Где подписаться? Они хоть взяток брать не будут и не допустят ядерного апокалипсиса, в отличии от наших родных идиотов братьев по разуму.