В двух словах о сюжетах прошлых частей.
В Wing Commander 1-3 шла космическая война между цивилизацией людей и килрати (в меру разумными кошками). В конце третьей части - люди благополучно победили и разбомбили центральную планету Килрати в ноль.
В Wing Commander 4 уже после победы адмирал конфедерации (людской) пытался устроить гражданскую войну, просто чтобы военный бюджет не урезали "держать людей в форме" и мы (управляя пилотом Кристофером "Мавериком" Блэйром) ему мешали.
И, на самом деле, всё. Больше ничего глобально вот важного не происходило. Сабж - пятая и последняя часть.

Интро показывает как на месте разбомбленной Килры (главной планеты килрати) открывается ч0рный портал и оттуда вылетает боевой флот новой, не появлявшейся ещё в серии инопланетной расы.

Мы управляем молодым пилотом по имени Кейси Ланс. Впервые в серии играем не Блэйром - потому что Блэйр теперь командор флота, а игра - космосим, а не стратегия. Кейси только что из лётной школы, прибывает на линкор Мидвей.

Приходят сообщения о том, что что-то случилось на месте бывшей Килры. Летим туда, но находим одни обломки и несколько мелких кораблей. (Кстати, новые враги оказываются жуками. Ну, уже не кошки, и на том спасибо.)
Походу пока открылся только небольшой портал и в основном прилетели силы, чтобы выстроить более крупный телепорт для основной армии.

Однако, враги уничтожают подпространственную станцию, и Мидвей застревает в секторе, вынужденный непрерывно отступать от всё возрастающих сил противника и искать способа отправить сигнал сос.

Скоро добираемся до станции связи. В попытке отправить сообщение, на неё высаживается Блэйр, и его тут же хватают жуки.
Правда через пяток миссий мы его спасаем.

Ближе к концу в сектор подтягивают подкрепления конфедерации, из портала выходит основная армия жуков - и начинается полноценная война. Правда идёт она недолго, мы разносим всё, что вылезло и потом сам портал, и всё.

Всё это добро сопровождается история о пророчестве килрати, где рассказывается о конце света, типо как жуки пришли уничтожить мир. Ага, щаз.

Wing Commander: Secret Ops - просто два слова об аддоне. Он продолжает сюжет оригинальной пятой части. Жуки открывают ещё один портал и мы снова его уничтожаем. Собстно всё. Актёров в аддон не завезли, каких-то вменяемых роликов тоже, рассказывать почти не о чём.