Человек действительно перерабатывает углероды в энергию со значительно большим кпд, чем любые двигатели внутреннего сгорания. Если наша наука когда-нибудь научится делать такие химические движки - машины можно будет заправлять зерном, например, и стоить это всё будет значительно дешевле и экологичнее (см. навоз'с) и хватать топлива будет дольше.

Но - в животном мире мы конечно не лучшие примеры получения энергии из жратвы, так что роботам в Матрице значительно логичнее было бы тупо разводить тех же кроликов с теми же самыми целями. А ещё лучше - колонии насекомых. А ещё лучше - бактерии (что и было бы тем самыми "химическим двигателем"). Там вообще чистая переработка еды в энергию.
И, заметьте, никаких тебе восстаний и проблем.

(А ещё лучше - тупо вычистить атмосферу.
А ещё лучше - запустить гидро и атомные электростанции и по старинке подпитываться от электричества.)