Слушайте, а сабж это внезапно вариация Матрицы, но еще более навороченная и вышедшая до Матрицы. Я ниже попытаюсь разобрать, но нужно понимать, что мой разбор - это трактовка, потому что в отличие от Матрицы, сюжет которой был совершенно однозначным, хотя и подавался местами жопно, Лейн по японской традиции набрасывает концепции и оставляет богатое поле для их интерпретаций, и чтобы свести все к некой единой непротиворечивой структуре - приходится местами натягивать сову на глобус, потому что здесь все повествование ведется от разного рода "ненадежных рассказчиков" и нужно выбирать, что из происходящего принимать во внимание, а что списывать на иллюзии и глюки (глючит местных героев по каждому поводу).



Итак.
В сороковых годах на Землю падает летающая тарелка. После нее остаются технологии, позволяющие улавливать телепатические силы людей (оказывается что все люди - псионики) и управлять ими. К восьмидесятым годам ученый по фамилии Каджсон проводит Кенсингтонский Эксперимент. Он подключает вместе сознания сотен детей (дети оказываются более сильными псиониками) и создает компьютерную плату, которая использует мозги этих детей в роли оперативной памяти. Эксперимент заканчивается катастрофой, детям выжигает мозги и профессор уничтожает записи об эксперименте.
Но копии и обрывки этих записей где-то остаются.

Проходит какое-то время и корпорация Татибана находит эти обрывки и решает повторить эксперимент, но теперь телепатически объединить в единую Матрицу все население планеты, фактически используя сознания людей как нейроны, чтобы создать на их основе целовеческий мозг. Все это им нужно чтобы этот мозг всего человечества вышел на контакт с инопланетянами. Так же они хотят этим мозгом управлять.

Однако в корпорации оказывается ученый по имени Масами Эйри. Он вовремя взламывает систему, пока она находится только в зачаточном состоянии, и записывает туда свою личность (ну, копию своей личности), таким образом, что центральный мозг, получившийся из коллективного сознания людей - имеет личность Масами. И этот робо-Масами объявляет себя "сетевым богом".

В результате получается два мира:
1) Реальный мир, который выглядит как выжженая пустошь, где валяются люди, телепатически подключенные к Матрице.
2) Матрица - которая выглядит как современный мир конца двадцатого века.

Однако Масами этого мало - он хочет, чтобы живущие в Матрице люди признали его как Бога и узнали, что они живут в Матрице. Короче он хочет славы и почитания. Поэтому он создает программу, цель которой - объединить миры. Эта программа называется Лейн.

Лейн постепенно начинает вносить изменения в виртуальный мир Матрицы методом изменения памяти людей (потому что все, что Матрице находится - это комбинация памяти разных людей, коллективно бессознательное).

Она резко поднимает уровень технологий, таким образом что в матрице жители девяностых годов двадцатого века получают интернет в шлемах виртуальной реальности такого уровня которого до сих пор нет даже у нас.
Таким образом она создает вторую матрицу внутри первой:
3) Онлайн мир - который жителями матрицы воспринимается как мир виртуальный.
При том, что мир, который ими воспринимается как физический - это тоже мир виртуальный.

Следующим этапом Лейн постепенно формирует в онлайн мире (который номер 3) свой образ в виде той самой девочки. Фактически она становится легендарным существом среди пользователей онлайна. Той самой девочкой Лейн Ивакурой.
Далее, когда люди сформировали свое мнение о Лейн, как о неком человеке, она меняет их память таким образом, что они начинают воспринимать Лейн уже не только как некого виртуала, но как живого человека из мира номер 2.

Таким образом Лейн разделяется. Есть ее личность в сети (мир номер 3), и есть вторая ее личность в условно "физическом мире" (мир номер 2). Причем вторая ее личность совершено независима и считает себя обычной девочкой и для укрепления иллюзии Лейн-1 даже переписывает память нескольким людям, так что они считают себя друзьями и семьей Лейн-2 (правда периодически Лейн-1 по приколу подключается к Лейн-2 и ненадолго берет на себя управление ей). Точнее ее "родители" считают себя агентами Татибаны, поставленными, чтобы исполнять роль родителей в эксперименте корпорации.
Но на самом деле корпорации давно не существует и все это создала сама Лейн, потому что она программа созданная сетевым богом.

Одновременно Масами (сетевой бог) делает и другие попытки подготовить человечество к осознанию того, что оно в Матрице - к примеру он создает себе культ Рыцарей, которые верят, что если убить себя, это их "освободит их сознание", и тело это вообще лишнее. Учитывая, что в реальности самоубийство просто уничтожает их образ в мире номер 2, они правы. Так же Масами устраивает всевозможные глюки в Матрице, опять же подводя людей к мысли, что мир вокруг них не реален.

Тем временем Лейн-2 узнает про онлайн мир (мир 3) и что там существует некая другая Лейн и фактически все аниме она шаг за шагом приходит к осознанию, что она блин такое.
В конце она переписывает копию своей памяти в компьютер (что иронично, учитывая что она изначально была компьютерной программой, которая эмулировала сознание человека, и в результате она снова переводит свой мозг в состояние программы).

Далее Лейн-2 уничтожает все свои остальные вариации и стирает все следы их существования из памяти людей. Потом она заявляет, что люди должны самостоятельно придти к пониманию, что они в Матрице, и никакой "Сетевой Бог" для этого не требуется, так что она уничтожает и Масами и все созданные им аномалии, а потом стирает из памяти людей и себя, оставив единственную свою копию в памяти человека, который считал себя ее подставным отцом, и успел к ней привязаться.

Как-то так. Не знаю, как рассказать проще.
Не уверен, что вы все ухватили.
Не уверен, что я сам все ухватил. Но вот как смог.

Главная героиня - обычная японская школьницы по имени Лейн Ивакура.
Её одноклассница Тиса Ёмода совершает суицид - спрыгивает с крыши. После этого другим одноклассницам начинают приходить электронные письма от Тисы.

На уроке обучают писать программу Hello world.

Дома у Лэйн странная вариация ноутбука.

Она тоже получает электронное письмо от Тисы: "Привет. Как дела?"
Тиса пишет, что, хотя она и лишилась тела, её жизнь не закончилась.
"Здесь Бог" - пишет Тиса.

У отца Лэйн - компьютер с тремя мониторами. Я кстати тоже однажды несколько месяцев работал на таком.

Или нет, стоп, с шестью. На таком я не работал)
Чувак явно пересмотрел Матрицы. (на самом деле Матрица вышла позже сабжа)

Лейн просит отца купить ей компьютер лучше. Она хочет пообщаться с Тисой.

Ещё одна девочка совершает самоубийство, прыгнув под поезд.

Говорят, что в клубе "Сайберия" видели девочку, похожую на Лейн, но с совершенно другим характером.

Через Сайберию идёт продажа наркотика "Ацела", работающего на наномашинах.

Новый компьютер.

Лейн заходит в Сайберию. Там на её глазах наркоман убивает нескольких посетителей, а потом себя.

Ходят слух о неком злобном близеце Лейн, особо активном в сети. Впрочем возможно это она сама, и у нее раздвоение личности, и вторая личность это суперхакер глава культа.

Кто-то присылает Лейн в подарок суперсовременый процессор Психе. По слухам это процессор разрабатывают некие "Рыцари" из тайваня. Некие люди из ч0рной машины с матовыми стеклами следят за Лейн. У этих людей какие-то устройства на глазах.

Лейн снова заходит в Сайберию. Там ее узнает. Психе выдает некий волшебный "полный доступ в сеть". Лейн устанавливает его себе в компьютер.

С этого времени Лей проводит все время в сети и копаясь в железках. Она становится значительно общительнее.

Продолжатся самоубийства. Говорят, что все погибшие играли в сетевую игру "Фантома". Вроде как те самые "Рыцари" взломали игру, так что она начала сводить игроков с ума.

Так же постоянно сообщается о неком "сетевом боге", надо понимать суперкомпьютере, который предсказывает будущее и отправляет людям эти предсказания и видимо каким-то образом управляет людьми.

К шестой серии Лейн полностью доводит свою комнату до состояния логова чужих, там навороченный комп с системой охлаждения на жидком фреоне, или хрен знает что там у нее. В сети она активно общается с Рыцарями.

У людей по всему городу массовые галлюцинации, они видят в облаках фигуру Лейн. Ее сестра вообще проваливается в бред.

Лейн выходит на профессора Хаджсона, занимающегося проектом Дети ака Кенгситонский эксперимент. Сам эксперимент был совершен 15 лет назад, но теперь кто-то его повторяет. Хаджсон нашел, что у детей есть экстрасенсорные способности и построил механизм, вытягивающий у них ману и объединяющий ее воедино в единую систему Дети. Я так понимаю, что это и есть суперкомпьютер ака сетевой бог.
15 лет назад система выжгла мозги многим детям и эксперимент прекратили.

Я так понимаю что теперь экспериментом занимаются Рыцари (ака Рыцари Ордена Алгоритма) и для доступа к магической энергии детей они используют чипы Психо и видеоигру. И как раз они следят за Лейн из машины. Я так понимаю, что она ребенок с очень развитыми магическими способностями, и поэтому сумела создать сво образ в сети не выходя в нее. Ну и плюс с раздвоением личности.

Или нет, похоже, что Рыцари пытаются убить Лейн (возможно она каким-то образом магически влияет на их систему?), а следят за ней агенты из компании Татибана.

Похоже, что сама Лейн типо как выведена в пробирке или что-то такого типа. Во всяком случае она почти ничего не знает о своей семье и о том, как родилась.

Татибане интересен некий "седьмой протокол" - это местный макгаффин, позволяющий "контролировать экономику сети" что бы это не значило.

Лейн выходит на сетевого бога, и тот сообщает, что она - его аватара в сети, и ее физическое воплощение, это аватара сетевого, а не наоборот. То есть сетевой бог, он же сетевая Лейн - подключаются к ее телу, а она сама - это тело в то время, когда ей не управляют.

Лейн считает, что она не аватара, а фактически проекция памяти. То есть разным людям записали в голову воспоминания о ее суещствовании, и это какбы сделало ее существующей.

Сетевой бог - фактически создание разума человека на основе населения планеты. Идея в том, что в голове у человека 80 миллиардов нейронов. На Земле - 10 миллиардов людей. Это меньше, но числа сопоставимые. Таким образом объединение их всех в единую нейронную сеть должно создать разум.
Создавала эту сеть корпорация Татибана, то есть они фактически и создали Лейн, и когда она появилась - заселили ее в подставную семью.

Ученого, который стоял за проектом звали Масами Эйри. Он записал в проект свой разум через тот самый седьмой протокол и совершил самоубийство и таким образом частично стал сетевым богом, и Лейн это его воплощение.

Ближе к концу сериала у Лейн формируется собственное сознание и связь ее с сетью обрывают - удалив искусственные воспоминания, а так же прекращает работу подставная семья.

Рыцари это самозародившиеся адепты сетевого бога. Лейн раскрывет их личности, и Татибана их отлавливает и убивает. Рыцари пытались отделить онлайн мир от офлайнового, поэтому они так стояли за идею "помереть, записав свой мозг в компьютер". Корпорация же хочет контролировать офлайн с помощью онлайна. По факту контроль есть только у сетевого бога, который сам по себе. Так же корпорация активно чистит остатки личности Масами, так что сетевой бог становится ближе к своей собственой личности - Лейн.
В целом корпорация не против уничтожить и самого бога. Саму Лейн они не трогают. При этом личность Масами остается до тех пор, пока о нем помнит Лейн.

Она конечно снова выходит в сеть, причем на этот раз загружает браузер себе напрямую в мозг и управляет им силой мысли. Масами заявляет, что Лейн это исполняемая программа. Судя по всему программа по созданию личности.
Учитывая, что ее сознание - снова программа, теперь вопрос, хочет ли она избавиться от своего тела и снова вернуться в "цифру".

Я так понимаю, что местный реальный мир это не совсем реальный мир, а как раз аналог Матрицы. Что объясняет способности Лейн. Фактически это значит что ее "реальное тело" - это и есть набор воспоминаний.

Осознав все это - Лейн пытается исправить воспоминания разных людей, получив в условно "физическом мире" единую версию себя. То есть вместо того, чтобы избавиться от тела - она делает его более четким.
Лейн заявляет, что ее функционал - в объединении сети и реального мира. Так же она заявляет, что все люди - это программы, но ее подруга Алиса убеждает ее в обратном - что Лейн такой же человек.

Фактически развитие технологий делает жителей физического мира привычными к миру сетевому, подводит их к пониманию что такое матрица, это и есть объединение физического и онлайн мира. При этом Масами хочет контролировать этот процесс, а Лейн считает, что процесс должен идти естественно. Масами понимает, что Лейн сильнее его и тоже формирует себе условное тело, но Лейн легко уничтожает его.

Далее Лейн решает не мешать людям приходить к самосознанию и удаляет себя из их памяти, так же она удаляет и всевозможные артефакты, глюки и прочие попытки Масами сообщить людям что они в матрице.
Под конец аниме намекает, что вся вообще сеть создавалась как попытка контачить с инопланетным разумом.

И совсем-совсем в конце она все-таки остается в памяти одного человека - сотрудника Татибаны, который исполнял роль ее отца.