У Медузы Горгоны - "Медуза" это имя. Горгона - биологический вид. Она такая не одна, у нее еще сестры есть как минимум, которые тоже горгоны, но не медузы.

То есть это не медуза по имени Горгона.
А горгона по имени Медуза.