Я тут размышлял, как бы мне извернуться, чтобы писать красивые фразы с сабжем. То есть чтобы было непонятно, шифр это или просто письмо.
Двоичное исчисление тут не катит. Проще использовать троичную систему. Думаю, выглядеть оно будет так:

А - 000 Б - 001 В - 002 Г - 010 Д - 011
Е - 012 Ж - 020 З - 021 И - 022 К - 120
Л - 121 М - 122 Н - 200 О - 201 П - 202
Р - 210 С - 211 Т - 212 У - 220 Ф - 221

Например, слово "стоп" - 211 212 201 202

Далее выбрать три любых буквы, которые являются ключом к шифру.
Например "ДКМ"
0 - Д 1 - К 2- М

Далее в письме важны только эти три буквы. Все остальные можно выкинуть.
Правда разгадать шифр, не зная ключа, относительно не сложно - если есть лишний день чтобы перебрать все сочетания из трёх букв (проще конечно подвесить эту задачу на компьютер и просто прочесть пяток страниц текста, которые он выдаст).
Зато по поводу логичности написанного: Я зашифровал слово "стоп" в первом абзаце етой записи.