В целом если вам интересен лор сорокатысячника, следует читать всего две книги в следующей последовательности:
1) 5st Edition - Rulebook
Он описывает всю базовую историю, таймлайн, все воюющие стороны на момент окончания 41 тысячелетия.

2) 8st Edition - Rulebook
Здесь ситуация на начало 42 тысячелетия.

По желанию можно добавить еще 9st Edition - Rulebook, где ничего нового, но она подробная и красивая.
Кроме них там огромная тонна энциклопедий, кодексов прочего прочего прочего, но все это можно пропустить, т.к. в основном оно добавляет мелкие детали.

1st Edition (Rogue Trader)

Book of the Astronomican
Идет описание нескольких кампаний с маринесами против орков.
Описываются базовые войска - Космоморпехи, Орки, Эльдары (и компания эльдарских пиратоы Элдрич Райдерс), Rogue Traders - независимые приключенцы-люди, космические пираты, адептус механикус, .
Описывается чаптер Whitescars и Hell-raisers которые личая гвардия одного из инквизиторов.

Warhammer 40,000: Compilation
Чаптер Grey Knight (666) служит инквизиции и валит демонов.
Кратное описание Ереси Хоруса (к которой примкнули пять чатеров). После поражения чаптер отошел к региону Око Террора.
Самые крутые маринесы назваются терминаторами.
Описание Лемана Русса, который вместе с двадцатью другими людьми были Примархами - основателями чаптеров. Леман основал Космических Волков. Упоминаются еще три чаптера - Ультрамарины, Темные Ангелы и Кровавые ангелы.

Идет описание арморов. Mark 1 использовался во время войн в солнечной системе. Для изначального крестового похода империума использовался Mark 2. И как более тяжелая версия - Mark 3. Для защиты завоеванных планет использовался Mark 4. Во время Ереси Хоруса временно использовались Mark 5 и 6. И самая современная версия - Mark 7.

История эльдаров. Изначальный их хоумворлд был уничтожен коло 10 тысяч лет назад. Они кстати жили в том самом Оке Террора, пока регион не погрузился в хаос. Эльдары разделены на дома, к примеру Эльданеш и Ультранаш. Считается что дома произошли от древних бессмертных эльдар. Так же у них большая мифология с богами.
Падение эльдар было из-за того что они открыли врата в другой мир и оттуда поперли боги хаоса - Кхорн, Тчинч, Нургл и Слаанеш. Последний собственно эльдар в основном и вынес.

После падения эльдары живут где попало, в том числе на кораблях-мирах крафтсворлдах. Они поклоняются богине Каэле Менша Кейне, которая по легенде воюет со Слаанешом. Правители эльдар называются Эксархами.

Далее описание генокрадов. Это короче разумные чужие мимики, пытающиеся свалить империум изнутри. В империуме есть культисты им поклоняющиеся. После того как человек заражен генокрадами - у него рождаются дети мутанты, причем сам он не знает что они мутанты. Генокрады разделены на кланы.

Описание кораблей-призраков спейс халков.

Warhammer 40,000: Compendium (White Dwarf)
Описывается зарождение космодесанта. В конце Эпохи Раздора (когда мир накрыло варп штормами) Земля вдруг получила от них передышку. Это было тринадцатое тысячелетие и в это время зародился империум и маринесы. Из 20 чаптеров первое тысячелетие пережили только 7. Однако за следующие тысячелетия было создано еще 26 новых.

Описывается имперская гвардия, состоящая из представителей разных чаптеров.

Описание огринов - мутантов под контролем империума.

Ультимативные арморы - дреноуты. Есть и у людей и у орков и у эльдар.

У последних кстати есть "Бесконечные Круги" нечто типо компьютеров в которые эльдары запирают свои души. На них основаны эльдарские воины-призраки, роботы с запертыми внутри душами эльдар.

Далее описания разной техники.

Описание скватов - которые фактически гномы на службе империума. Изначально это люди, отрезанные во время Эпохи Раздора на планетах с сильной гравитацией.
Первые колонии скватов были основаны в десятом тысячелетии. Они наладили торговлю, но были разбиты орками и эльдарами, после чего присоединились к империуму. Скваты объединены общим братством.

Сильнейшие эльдарские воины (не считая аватаров) - арлекины, которые типо воинский культ.

Warhammer Siege
Описания осад замков.

Warhammer 40,000: Rogue Trader Rulebook
Вообще говоря мне нужно было начать чтение с рулбука, но сейчас уже поздно. Окей, что там.
Описываются основные отделы империума:
Адептус Терра - священники. Инквизиция им не подчиняется.
Адептус Кустодис - внутренняя охрана императора.
Адептух Механикус - техножрецы.
Адептус Арбитес - судьи.
Адептус Астрономика - навигаторы.
Адептус Астра Телепатика - псайкеры.

Император за все время империума не менялся.

Стоп, а чаптеров вообще под тысячу. Но примархов только 20.
Основные:
1) Кровавые Ангелы
2) Кровопийцы
3) Бардовые Кулаки
4) Темные Ангелы
5) Flashheaters
6) Разрыватели Плоти
7) Железные Руки
8) Радужные Воины
9) Серебряные Черепа
10) Космические Волки
11) Ультрамарины
12) Белые Шрамы

Далее описание мелких орков - гретчикинов.
Далее самой древней расы - Сланнов. Которые теперь типо наблюдатели-надмозги, закопанные в свои ритуалы.
Джокаеро - разумные орангутанги с упором на технологии.
Тираниды - тупо чужие.
Описания разных монстров порождений варпа.

Описания миров смерти - планет населенных монстрами.

Slaves to Darkness
Описания сил хаоса. Кхорна, Слаанеша, их демонов, их миров.
Из интересного здесь описываются Ренегаты Хаоса - люди подпавшие под влияние хаоса и в результате становящиеся монстрами вплоть до Принцев Демонов.

Так же описывается что в Оке Террора - девять чаптеров.

Идет описание Ереси Хоруса - генерал Хорус (примарх) попал под влияние хаоса.

Описание Ордо Маллеуса - отдела инквизиции, специализирующегося на охоте за демонами.

The Lost and the Damned
Продолжение прошлого кодекса. Еще демоны, описание их языка и письма. Бистмены - существа мутровавшие под влиянием хаоса.

Внезапно описание бэкстори императора. Он родился во время Эпохи Раздора, когда Землей управляли шаманы. Первые 3800 лет Император бродил по Земле наблюдателем. За это время шаманы захирели, а на планету начали лезть боги хаоса, и Император успешно отбил их атаки. Все это было незадолго до того как эльдары разбудили Слаанеша.

Кстати именно в битве с Хорусом Император почти потерял тело и был погружен в криокамеру (Золотой Трон). Все это произошло в начале 31 тысячелетия.

По легенде Император еще переродится в Звездном Ребенке. И его появления жду Иллюминати. Вонаби Звездные дети (потомки императора) называются Сенсеями.

Отдельно существуют Чумные Маринесы, мутированные хаосом.

Waaargh: Orks
Книга посвящена очевидно оркам. Еще мельче гретчкинов - снотлинги. Они называются рантз. А их отряды - рантерз.
Шесть основных кланов орков: Гоффс, Клан Плохой Луны, Клан Черепа Смерти, Злые Сыны, Укус Змеи и Кровавый Топор. Кланы делятся на семьи.
Элита орков - нобз.
Обычные орки - да бойз.
Более упорядоченные - штормбойз.
Более хаотичные - мэдбойз.
Механики - мекбойз. Входят в культ скорости.
Доктора - пейнбойз.
Псайкеры - вейрдбойз.

Орки поклоняются богам - Горк и Морк. Так же у них есть титаны - гарганты.

Периодически орки собираются ордами, что называется - ва-орк.

В виде валюты орки используют зубы.

Ere We Go
Freebooterz
Далее еще две книги про орков. Здесь в основном детали, оружие, техника, статы.

2nd Edition (Wargear)

Warhammer 40,000 2nd Edition Rulebook
Рулбук посвящен чисто новым предметам и оружию. Здесь ничего интересного. В целом вторая редакция смещает внимание к более камерным войнам.

Codex Imperialis
Вроде как полная лора книга, но я не смог ее найти.

Ultramarines
Этот у меня только для пятой редакции показывает. Окей, дойдем посмотрим.

Angels of Death
Описание двух чаптеров - Кровавых Ангелов и Темных Ангелов.
Темные Ангелы были первым легионом маринесов. Родного мира у них нет, живут в астероиде-монастыре Скала. Их примарх Лаен Эл Джонсон. Во времена Хоруса клан разделился и часть поддалась ереси. Тогда они потеряли родной мир - Калибан. Сам Джонсон спит в криосне в глубине Скалы.

Примарх Кровавых Ангелов Сангвиний был убит Хорусом. Их чаптер тоже один из первых. Родные миры - Баал Прайм и Баал Секундус. После смерти примарха чаптер постепенно умирает, морпехи становятся безумными.

Кстати разделение на отдельные чаптеры произошло уже после времен ереси. До этого маринесы делились на легионы.

Space Wolves
Мир чаптера - Фенрис. Примарх - Леман Рус (как уже ранее упоминалось). Он кстати пропал после ереси Хоруса. Чаптер занимается охраной Ока Террора. Это один из первых двадцати чаптеров и один из самых известных. Именно они загоняли Хоруса в Око.
Чаптер разделен на Great Companies, возглавляемых Лордами Волками. Объединяет их - Великий Волк. Короче чаптер помешан на волчьей теме и несколько на индейской стилистике.

Sisters of Battle
Внезапно описывается, что после ухода императора в криосон развилась Эклезиархия (Адептус Министориум, то есть считай церковь). Пошла битва за власть, особо в 35-36 тысячелетиях. Чиновники (Администратум) победили святош. Потом маятник качнулся в другую сторону, короче это вечная война внутри империума.
В процессе этих войн выделилась организация Адепта Сороритас, разделенная на ордена. Короче это боевые сестры, фем-морпехи ака сестринство ака дочери императора.

Imperial Guard
Империал Гард это обычная армия империума пушечное мясо. В целом это одна из самых скучных фракций.

Chaos
Попавшие под влиние Хоруса чаптеры - Death Guard, Word Bearers, Лорды Ночи, Альфа Легион, Пожиратели Миров, Дети Императора и Черный Легион и еще несколько. Эти чаптеры продолжают воевать между собой в Оке. Раз или два в тысячелетие в этих войнах выделяется чемпион и он устраивает вылазу из Ока - Черный Крестовый Поход.

Eldar
Эльдарские крафтворлды двигаются туда-сюда по паутине норм в варпе - webway. Карту вебвея знают только арлекины. Вроде как она хранится еще в Черной Библиотеке.
В целом конечно эльдары безумно унылы.

Orks
Орки кстати не являются силами хаоса. Вообще им наплевать на хаос, они одинаково успешно воюют со всеми и друг с другом и с людьми и с хаосом.

Tyranids
Первое столкновение тиранидов с империумом произошло на планете Тиран Праймус, принадлежащей Адептус Механикус. После нападения на планету тираниды превращают ее в кусок камня.
Где тираниды находятся неизвестно, они рандомно выпрыгивают из варпа целыми кораблями. Технологии у них есть, но сами по себе тираницы подчиняются хайвмайнду, и поэтому отдельные особи интеллектом не обладают.
Судя по всему генокрады это подвид тиранидов, похоже отвязанные от хайвмайнда.

Assassins
Это организация в империуме - Оффицио Ассисанориум.
Появилась во время войны администрации с церковью. Вершина ее деятельности была в 36 тысячелетии, когда власть и там и там захватил лорд Вандайр и попытался устроить тиранию (не так, чтобы до него было что-то другое), и асасины его грохнули.

3st Edition

Rulebook
В третьей редакции правила упростили, ввели новые расы - тау и некронов.

Сейчас во главе империума - высшие лорды терры. Под ними церковь (адептус терра), министориум, адептус механикус и т.п.

Все планеты делятся на следующие типы: цивилизованные, аграрные, ульи (планеты-города), дикие (похожие на землю времен мамонтов), мертвые, феодальные, миры смерти (населенные опасными монстрами), кузни (миры адептус механикус, превращенные в фабрики) и исследовательские.

Catachans
Катачан это новая фракция - специалисты по зачистке мировсмерти, такие типо рембо.

Craftworld Eldar
Описание нескольких эльдарских крафтворлдов.

Dark Eldar
Еще новички. Темные эльдары живут на планете Коморра, там у них общество террора и войны, короче это орки от эльдар.

Witch Hunters
Отдел инквизиции - Ордо Херетикус. Появился примерно одновременно с Сестрами Битвы. Собственно эти ордена мало отличаются.

Daemonhunters
Ордо Маллеус - еще один отдел инквизиции. В целом ну демонхантеры, название полностью соответствует сути.

Tau
Я не смог найти этот кодекс, и пропускать не хочется, так что вместо него беру более поздний - Tau Empire.

Тау это молодая раса, которая считает, что приведет мир к свету, короче коммуняки. Коммунизм у них называется "таува".
Тау разделены на касты. Главная - эфереалы. Короче это еще более скучная версия эльдар.

Necrons
Некроны это очевидно андеды. Когда-то вымерли из-за пандемии, теперь восстали. Кстати самая древняя раса (60 миллионов лет им). Следующие по древности - эльдары и орки. Потом люди и прочие.

После некронов остались миры-гробницы.

4st Edition

Rulebook
Четвертая редакция мало отличается от третьей. Рассказывает кстати, что Земля (Терра) давным давно превращена в металлический шар, на котором выстроены сплошные храмы.
Под лордами терры - пять командиров сегментов космоса.
Текущий век - век империума.

Самое известное из последних событий мира - три войны армагеддона. Все три прошли на планете Армагеддон. Первая против демонов, вторая против своей же инквизиции, третья против орков.
Так же продолжаются темные крестовые походы из Ока Террора.

Black Templars
Черные Тамплиеры, это чаптер, появившийся уже после времен Хоруса, когда восставший легион чуть не грохнул императора и имперцы решили, что нельзя объединять большую силу в одних руках и разделили менее чем полсотни легионов на тысячу чаптеров. Собственно там легион разделили на два чаптера - Бардовые Кулаки и Черные Тамплиеры. Причем разделяться не хотел, что чуть не развязало войну внутри маринесов.

Чаптер живет во флотилии боевых барж и в целом этот чаптер скорее заточен под космические бои, а не наземные. В целом этот чаптер более независим от администрации, чем остальные.

Основные войны, в которых он участвовал: Война Отступников (м36), когда валили Валдайра (всего в сумме он проправил 70 лет) и Третья Война Армагеддона (м41). Так же я думаю что они гасят все Черные Крестовые Походы.

Dark Angels
Так, этот кодекс повторяет то, что было написано в Angels of Death. При разделении легиона там образовалось много чаптеров со словом "Ангелы" в названии. Они все - части Темных Ангелов.
Так же рассказывается, что в этих чаптерах есть секретный внутренний круг, под ним находятся "крылья" - Дефвинг и Ревенвинг.

Blood Angels
Вторая половина Angels of Death отдельной книгой.

Chaos Space Marines
Во многом повторяет прошлые хаоситские кодексы. Здесь перечисляются 32 чаптера в Оке Террора.

5st Edition

Rulebook
К типам миров добавляются: Искусственные, Под Карантином (Миры Смерти), Планеты-призраки (другое название для мертвых планет).
Чаптер Серые Рыцари - специализируется на демонах.
Титаны - огромные мехворриоры империума.

Таймлайн:
м18-23 - Темная Эпоха Технологии - первичное расселение людей по космосу
м23-30 - Эпоха Раздора - всех накрывает варпом и люди заперты в своих мирах
м31-до нашего времени - Эпоха Империума - император начинает захват мира и в то же тысячелетие огребает от Хоруса.
м32 - империум в анархии
м33-34 - империум пытается перестроиться
м35-37 - времена двоевластия, приход к власти церковников, в это время идут разборки с Вандайром
м37-38 - самые темные века религиозной эйфории империума
м39-41 - активизируются инопланетные расы, миры начинают сваливаться в хаос, маринесы вынуждены контролировать планеты

Конец времен (м41):
744 - некто Тагаррат предсказывает конец времени, типо свет императора меркнет. Предсказателя казнят за ересь.
745 - начинаются войны с тиранидами, Тиран и Тандрос уничтожены, Ультрамар почти уничтожен, большую часть тиранидов разбивают в Ультима Сегментуме
757 - зомби-чума на некоторых планетах
766 - война с эльдарами под началом принца Уриэля.
783 - начало войн с некронами
822 - традиционный выход Абаддона из Ока Террора
849 - войны с темными элдарами
863 - легион титанов переходит на сторону хаоса
888 - Темные Крестоносцы теснят окопавшихся в Оке Террора
901 - один из миров пытается отделиться от империума и огребает
941 - первая война армагеддона
963 - первое столкновение с Тау
998 - вторая война армагеддона
999 - волны варпа проходятся по всему миру, что отрезает часть планет от империума и выжигает мозги псайкерам, в этом же году Адептус Механикус узнают, что в золотом троне есть поломки, которые невозможно починить, в том же году начало тринадцатого Черного Крестового Похода

Кодексы в этом эдишне все старые, максимум чуть проапдейченые.

6st Edition

Rulebook
В этом рулбуке вообще нет лора, только правила.

Inquisition
Отдельный кодекс посвящен инквизиции и описывает ее части: Ордо Маллеус (демонхантеры), Ордо Ксенос (уничтожители инопланетян), Ордо Херетикус (охотники на ведьм), Ордо Хронос (хранители истории), Ордо Скрипториум (исследователи-библиотекари), Ордо Машинум (занимаются механизмами), Ордо Сикариус (палачи).

Militarum Tempestus
Кодекс описывающий комиссаров, занимающихся отстрелом дезертиров, а так же занимающихся особо грязными миссиями, куда не направить обычную армию и маринесов.

Space Marines
Огромный кодекс (845 страниц), набитый деталями про маринесов.
Берут отсюда описание Ультрамаринов. Один из первых чаптеров, и так же самый известный из всех. Примарх - Робаут Гуллиман. Родной мир - Макрейдж, территория вокруг него называется Ультрамар, там набор планет принадлежащих чаптеру. В целом рассказывать о нем нечего, лучший и скучный.

7st Edition

Чото вообще ничего нового. Некоторые детали относительно отдельных организаций.

8st Edition

Дополнение к таймлайну:
м1-15 - эпоха терры - когда люди жили на одной планете

Далее наконец-то развитие сюжета. Тринадцатый темный крестовый поход заканчивается на том, что мир накрывает варп штормом, в результате которого весь империум разрывает на две части (это называется Великий Разлом). Причем отдельные куски уходят вперед во времени, а другие отстают. Корабли почти все уничтожает.

Дальнейшие годы называют Чернотой. Отрезанные друг на друга миры оказываются под атаками демонов хаоса. Кхорн атакует Терру. Отбивается от него Робаут Гиллиман - глава ультрааринов и лорд империума в тот момент. Отбросив Кхорна он возглавляет восстановление империума.
Здесь рулбук намекает что император умирает.

9st Edition

Здесь ничего нового.