В словаре Фасмера туманно толкуется этимология слова колдун, почти никак :

... там приводятся такие "схожие" слова: лит. kalba "язык", лтш. kalada "шум, ссора", лат. саlу "вызывать, сзывать", греч. kalw, "звать, призывать", д.-в.-н. halon "звать, приносить" ... совершенно невероятно заимствование из венг. koldulni "попрошайничать", koldus "нищий". Из венгерского происходит сербохорватское колдовати "попрошайничать", словен. koldovati - то же, сербохорв. колдуш "нищий", словен. koldu - то же. Не существует также связи с греч. caldaoj "халдеец, маг".

Я вот что подумал: в русском и европейском языках есть арабские слова: алгебра, кайф, кофе, гашиш, гарем, сундук, казна.
Возможно, слово колдун восходит к арабскому халдун. Корень х-л-д означает "душа, ум", а ещё "вечность, бессмертие". Очевидно значение арабского однокоренного прилагательного халдун - "знающий о душе, уме, вечности и бессмертии".

был ещё такой известный арабский историк ибн Халдун.