Дыра - от дира, от драть. Родств. лит. durti "колоть".
Любопытно, что англ. hole "дыра" тоже похоже на производное от кол, колоть, с учетом передвижения k > h.
А ранее обмусоленные kill, kick оказываются заимствованиями во время после передвижения.

P.S. Вентспилский диалект:
Voldi, ej otrā istabē, amkamberī, aiz ķots paņenm gaffel un nāc ēst rācēns _
По-латышски:
Valdi, aizej uz otru istabu, piliekajama aiz groza paņem dakšu un nāc ēst kartupeļus
Валдис, пойди в другую комнату, в шкафу (?), за корзиной, возьми вилку и иди есть картошку