Я не хочу проходиться по всем частям, просто пользуюсь случаем, благодаря высококлассным прохождениям Зевика.

История начинается ровно в ту же секунду как закончилась в прошлой части.
Тамплиеры через Десмонда нашли карту расположения инопланетных артефактов.

Люси - оказывается Ассассинкой (на что намекали ещё в прошлой части). Она убивает профессора Зевика, вытаскивает Десмонда из тамплиерского плена и привозит в логово ассассинов.
Там двое соратников: Шон Хэстин и Ребекка Крэйн.

Люси хочет подключить Десмонда к воспоминаниям одного из его предков и через эти воспоминания обучить его мастерству ассассина.

Выбранного предка зову Эцио Аудиторе да Фирензе.
Действие начинается в 1476 году, во Флоренции (Италия).
В это время Италия раздроблена на города-республики, которые находятся под управлением банкиров (читай - кланов). Флоренция - уже полсотни лет управляется семейством Медичи.
Главный соперник (иногда враг, а иногда и союзник) семья Сфорца, обосновавшаяся в Милане и Венеции.

В началу эпохи Возрождения, когда именно в Италию перебрались Ассассины и Тамплиеры, потому что Италия была в центре между западом и востоком, из неё проще всего было влиять на события по всему известному в то время миру.

Эцио пока ещё не знает, что его отец (Джованни) - ассассин, работающий на семью Медичи.
Он - подросток. Так же в его семье: старший брат Федерико, сестра - Клаудия, младший брат - Петруччо, мать - Мария

Как потомки араба Альтаира за триста лет превратились в итальянскую семью Аудиторе - отдельный вопрос. Но, заметим, что Италия неоднократно захватывалась арабами, так что перекрёстные браки (и особенно, хмм, как бы помягче сказать - внебрачные связи при захватах) были не редкостью.

Семья Аудиторе, кстати, очень дружит с Леонардо да Винчи, и игра это повсеместно эксплуатирует.

Джованни что-то планирует, но его, Петруччо и Федерико хватают и вешают (остальным членам семьи удаётся уйти).
События пока что не объясняются, но происхождение как-то связано с предательством друга семьи - Уберто Алберти.

Оказывается, что Уберто - в тайне ненавидел семью Медичи и планировал расправиться с ними при помощи тамплиеров (на чьей стороне тамплиеры - пока что не сообщается). Уберто постепенно пытался расправляться с друзьями Медичи, и поэтому он подставил Аудиторе.

Глава семьи Медичи - Лоренцо.

Эцио убивает Уберто и вместе с остатками семьи покидает Флоренцию и переезжает в родовое поместье Монтериджони (рядом с Тосканой) где живёт его дядя Марио. Поместью, кстати, уже двести лет, то есть, надо понимать, потомки Альтаира съехали с ближнего востока достаточно быстро.

При этом за Аудиторе вовсю гоняется семья Виери (эти семьи давно враждуют) так что следующая цель - прибить их главу, чтобы отвязались.

Далее, окончательная ультимативная цель - Родриго Борджия. Семья Борджия - обосновалась в Риме и в Ватикане (а Ватикан в то время рулил всей Европой, короли должны были получать разрешение на правление у пап), но пытается наложить лапу и на свободные олигархические города Италии. Так что расклад такой: Католическая церковь в Ватикане - это система тамплиеров, и Родриго Борджия - тамплиерский глава. А ассассины пытаются влиять на олигархов в свободных торговых городах.

Ну и вот теперь Борджия нащупали слабое место в семье Медичи (то, что им удалось расправиться с помощниками Медичи - Аудиторе) и пытаются их (Медичи) задушить.

Но пока что, Эцио возвращается во Флоренцию, чтобы разобраться там с остальными семьями, поддерживающими тамплиеров.

Между прочим, родовое поместье Аудиторе стоит прямо над одним из инопланетных артефактов, обнаруженных Альтаиром (тот оставил после себя карту и инструкции).

Таймскип
1478. Эцио возвращается во Флоренцию через два года.

Тамплиеры как раз пытаются добить Медичи, и Эцио как раз успевает спасти Лоренцо и заодно заработать назад доверие Медичи, которого лишился его отец перед смертью.
В городе начинается война кланов и с помощью Эцио - Медичи сохраняют влияние во Флоренции.

1480
Все дела во Флоренции улажены.
Эцио направляется зачищать от тамплиеров Венецию.
По пути знакомится с Катериной Сфорца.
Сфорца пытаются защитить свою олигархию от влияния католической церкви и вообще королей-пап-Борджии, точно так же как и Медичи, только в Милане, а не во Флоренции.

Немного истории: Карту артефактов и другие штуки привёз с ближнего востока в Италию Марко Поло и передал Данте. Уже Данте там занимался всем этим далее.

Так же: Предыдущий человек, на которым экспериментировали в Анимусе (т.н. "Подопытный №16") сошёл с ума и, предположительно, именно он исписал стены надписями, которые можно увидеть в конце AC1 (и в начале AC2). Так же он наоставлял меток внутри самой программы.

Небольшой флешбек: Альтаир женится на Марии. Эта девушка в первой части обманула Альтаира, она работала на тамплиеров и выдала себя за Робера. Альтаир чуть не убил её.

1481
Эцио прибывает в Венецию.

1486
Пять лет уходит на зачистку города от супостатов.

1488
Ещё два года Эцио живёт относительно спокойно, пытаясь добраться на Кипр, где ещё остались враги.
Собсно на Кипре не только враги - там ещё инопланетные артефакты, которые вовсю копают Боржия/тамплиеры/католики.

Прежде чем Эцио успевает уплыть - с Кипра приплывает корабль с "яблоком" (это не то же самое, что было в первой части игры, яблок по миру раскидано полно). Эцио забирает артефакт себе.
Там его окончательно посвящают в ассассины (моглиб и раньше конечно).

1497
Аж через девять лет Яблоко выдают Эцио с заданием передать его на хранение Катерине Сфорце в Милане.

Кстати: Макиавелли тоже ассассин.

В Милане приходится много побегать с яблоком, но в результате артефакт забирает Родриго Борджия и пытается с его помощью зомбировать Флоренцию (он до сих пор хочет в первую очередь заполучить именно этот город).
Впощем приходится заглянуть на огонёк и перебить всех причастных.

Яблоко отнимают, узнают что в Риме прямо в Ватикане - инопланетная электронная библиотека и чтобы попасть в неё нужен ещё один промывающий мозги артефакт - посох (намёк на посох, который использовал Моисей, чтобы убедить фараона в могуществе Бога).

1499
Эцио прибывает в Рим (заметим, что уже самый конец эпохи Возрождения, Колумб вот-вот откроет Америку).

Убивает Родриго Боржию, заполучает и посох тоже. Открывает доступ к инопланетному бункеру-библиотеке.

Инопланетянка там говорит, что её зовут Минервой (ака Афина Паллада, богиня войны), так же она называет других - у них у всех имена греческих богов. То есть идея в том, что древние греки поклонянялись инопланетянам.

Минерва через Эцио обращается напрямую к Десмонду.
Она рассказывает, что когда-то они (инопланетяне) жили в другом мире. Они создали людей, а потом были преданны людьми и померли.
Она говорит, что миру угрожает опасность (чуть позже поясняют - ядро планеты может рвануть), и чтобы эту опасность преодолеть - нужно искать и запускать инопланетные бункеры/храмы. Э-э... ок.

Сказав это Минерва исчезает, оставив Эцио в полном недоумении.

Тем временем в двадцатом веке в логово ассассинов врываются тамплиеры, в том числе доктор Видик который таки жив. Его правда удаётся быстро отогнать лечебными пиздюлями.
Герои сваливают из своего логова в более безопасное.
---
На этом игра кончается, но в нёй так же куча дополнительного контента.

К примеру, кодекс (читай: дневник) написанный Альтаиром после первой части игры, когда он сидел с Яблоком и Думал.
Он взял орден под своё управление и принялся менять обычаи. В первую очередь отказался от отрубания пальца, а так же демонстративного использования перьев и других обычаев, которые могли бы выдать ассассинов (при этом небольшие метки на пальцах остались, но обычно они закрывались кольцами).

Под началом Альтаира тамплиеров прогнали из ближнего востока и загнали аж на остров Крит, и там они окапывались почти что всё время между 11 и 14 веками.

Альтаир пишет о философии ассассинов и тамплиеров. Он пишет, что как одни так и другие осознают, что нет "окончательной правды", а если и есть - то она слишком сложная для людей. Однако тамплиеры пытаются создать "ложную правду", таким образом чтобы руководить людьми (подразумевается религия), а ассассины - нет.
"Это очень умная идея", - пишет Альтаир. - "Как мы можем воевать против идеи?"
--
Так же по программе раскиданны разные намёки и коды от "подопытного номер 16".
Он вовсю намекает что:
1) Многие известные генералы типо Александра Великого или Чингисхана - пользовались Яблоками для контроля над войсками.
2) Что есть три типа артефактов - Яблоки, Посохи и Мечи (при этом существовали и другие артефакты, к примеру Иисус пользовался инопланетным куском ткани).
3) Все артефакты можно объединить. Правда, что получится - не сообщается.
4) Вся Земля - один большой артефакт, созданный инопланетянами.

Да, кстати, из забавных деталей - Сталин был Ассассином.

В конце концов, видео, демонстрирующее как Адам и Ева сбегают из созданного инопланетянами "рая" и крадут Яблоко (одно из множества)/
---
В родовом поместье можно увидеть статуи прошлых известных ассассинов.
Первый, кто пользовался клинком в запястье - Дариус (пятый век до нашей эры). Ассассины были на стороне персов и воевали против Египтян.

Отделение ассассинов существовало в Китае во второй век до нашей эры. Известен ассассин Вей Ю, убивший китайского императора (ассассины там воевали тупо против правительства).

Амунет - ассассинка из египетского офиса прибила Клеопатру в нулевой век до нашей эры.

Илтани - из вавилонских ассассинов - заделала Александра великого (третий век до н.э.)

Леонид (не путать с известным спартанцем) - фигачил римских императоров до нашей эры. Калигулу, к примеру. Кстати Брут тоже был ассассином, там было массовое убийство тамплиера Цезаря.

Кван Гал - монгольский офис, тринадцатый век. Заделал Чингисхана.

Ключевая идея в том, что практически каждая империя создавалась человеком, заполучившим гипноартефакт. Этот человек придумывал (или использовал уже существующую) религию, объясняющую его могущество. И всегда находились люди, нечувствительные к действию артефакта. Они создавали орден ассассинов и боролись с властью за Правду.