В процессе изучения этимологии русских слов получился реестр слов, которые считаются заимствованиями, но могут происходить, в конце концов, из предка древнерусского языка.

Среди них, с уверенностью разной степени, древнерусские по происхождению:

арена, Рейн, Рено – связано с др.-рус. рѣнь "отмель", укр. рiнь "крупный песок",
Болонья, Булонь – связано с устар. рус. болонье "поемный луг, низина",
брага, броня – связано, в конечном счёте, с брать,
брюква, брюки – связано с брюхо,
витязь, свинец – связано с ст.-сл. възвить "добыча", др.-русск., ст.-слав. свои "свой", твои "твой"
группа, кристалл – связано со звукоподражаниями хрупать, хрустеть,
зебра, зебу – связано с др.-русск. зубъ, ст.-слав. зѫбъ (ср. зебры "челюсти; жабры")
лилия, лиловый, литр, олива, оливки, олово – связано с лить,
каюта, ют – связано с ютить,
кедр, цедра – связано с кадить,
Кипр, кипарис, циперус – связано с кипеть,
кладенец, Ладога – связано с ложить, лодья
книга, князь – связано с др.-рус. конъ "закон",
колба, колонна, коляда – связано с др.-рус. коло "круг",
корабль, король, корона, краб, скарабей – связано со звукоподражательным карябать, далее с др.-рус. коръ "брань", кора, кара,
кот, скот – связано с ст.-слав. кѫшта "палатка, шатер", закут "хлев",
кровать, орбита, репа, репей – связано с рыть, ров,
ласт, латунь – связано с лата, пласт,
медь, меч, морг, мята, номер – связано с мять, метить, мерить,
осёл, сельдь, сода – связано, в конечном счёте, с садить,
пемза, петля, пижма, пуд, пушка, спина – связано со звукоподражанием лопающемуся пузырю, пыхтеть, пукать, далее с др.-русск. пяти, пьну, ст.-слав. пѩти, пьнѫ "натягивать"
пиала, пипа – связано с пить,
поросёнок, просо, раса – связано, в конечном счёте, с расти,
резеда, резина, роза – связано с резать,
ромб, румб – связано с рубить , рыба,
терем, тормоз, Триест, тюрьма, тюря – связано с тереть, торить,
тополь, топор – связано с топить,
холм, шлем – родственно холка, хохол,
черешня, чертог – связано с черту "режу",
шёлк, шуба – связано с шить,

(ниже предположительно родственные слова – в скобках):

баня (балий "колдун, знахарь"), бурый (от древн. названия медведя, связанного с ворчать), верблюд ("велеблуждающий"), дратва (драть), друза (друг), жираф (др.-русск. жеравль), изба, др.-русск. истъба (др.-русск. исто "капитал", ст.-слав. истъ, истовъ "истинный, сущий"), кайма (иметь, анал. пройма, пойма, обойма), кальян (калить), кобра (кобение), ковёр (верать "закрывать", свёрток), койка (покой), кукла (кука "кулак", кукиш), лечить (лёгкий), лошадь (лоший "плохой"), огурец (гурьба), пакля (пачкать), пальма (пальцы), полати (пол), прок "остаток на след. год" (рок "год"), свёкла (свет), Свирь (вир "водоворот"), Сергей (усердие), слон (лоно), собака (особый), стекло (теку), стерлядь (острый), страус (трус), стул (тулить), стяг (тянуть), суп (сыпать), таймень (талый), тесьма (тесный), тигр (настигать), тимьян (темя), хлеб (лить), цоколь (звукоподражательное цокать), Эльба (Лаба, родств. лебедь, лебеда);

- с сомнениями (в скобках – предположительно родственные слова):

акула (око), библия (редупликация звукоподражания буль), блюдо (блюсти), вулкан (волочить), грунт (гряда), казна (казать), кнут (понукать), конус (куча, кут "угол"), лимон (заливать, ср. лиман), Нево (небо "туман"), Онего (снег), плита (слиток, лить), плуг (по лугу), попугай, др.-рус. папагалъ (галдеть), риск (рыскать), серебро (серое, серное), як (укоть "крюк").