Сюжетно все части Зельды можно разделить на шесть линий (от А до F)


А - история с начала времен и до Ocarina of Time
B,C,D - три альтернативных мира по трем концовкам OoT (при том что концовка там одна, но даже не думайте на эту тему).
E - линия Breath of the Wild, которая по словам Нинтендо "может продолжаться после любой из трех веток".
F - неканон

Трое богинь создают мир, а так же особый артефакт - трифорс - позволяющий миром управлять силой мысли. Трифорс разделен на три треугольника - Силу, Смелость и Мудрость.
Эти три треугольника оседают в трех жителях мира - Мудрость в богине Хайлии, Сила в злобном боге Демайзе, а Смелость неясно в ком, история умалчивает (но намекает, что этот кто-то был в пидорском зеленом колпаке).

Чтобы воспользоваться трифорсом - надо собрать все три части, добровольно или нет, так что Хайлия с Демайзом воюют, богиня побеждает, Демайза заточает на радость потомкам, а сама начинает перерождаться в эльфийских блондинках.

Далее в Skyward Sword Демайз пробуждается и реинкарнация Хайлии (по имени Зельда) плюс владелец треугольника Смелости (по имени Линк [1]) его валят. Однако перед смертью Демайз обещает что его ярость в форме духа зла Ганона, будет регулярно возвращаться. Собственно дальше можно не читать, все события следующих частей считайте вы уже знаете. Олсо здесь выковывают Master Sword, с которым потом все Линки во всех частях будут бегать, потому что это единственное оружие, которым Ганона можно завалить.

Далее таймскип на много лет, в честь богини основывают страну Хайрул, где правят как раз те в ком Хайлия перерождается. И в The Minish Cap до трифорса пытается добраться злодей по имени Ваал, и Линк [2] его заточает. Олсо Master Sword расфигачен на четыре меча (которые могут потом еще объединяться в четырехмеч и разделяться назад). Собственно в Four Swords все тот же Линк [2] с тремя друзьями в четыре смычка Ваати повторно заебывают. Так же где-то в это время находят особое подпространство Сакред Релм, и стараются куски трифорса держать там, плюс вход в этот Сакред Релм скрывает деревня Кокори, населенная эльфами.

Таймскип. В Хайруле гражданская война, Линка [3] младенцем сплавляют в Кокори (так то он хайрулец). Далее Ocarina of Time, где за трифорсом бегает вождь кочевого племени Гарудо - Ганондорф. Он трифорс получает, но там не все просто, потому что реально пользоваться трифорсом могут только перерождения Линка и Зельды, а у любого, кто получил трифорс силой - остается только треугольник силы, надо типо быть Достойным. Короче с треугольником силы Ганондорф впитывает в себя ярость Демайза и может трансформироваться в монстра - Ганона. Далее есть три концовки, либо Ганон забивает Линка [3] и правит Хайрулом много лет, пока его не заточают там Мудрецы (линия B). Либо Ганона валит сразу Линк [3] еще ребенком (линия С). Либо Ганон правит семь лет и потом его валит Линк [3] подросток (линия D).

Таймскип. В A Link to the Past Линк [4] валит возрождающегося Ганона. И кстати впервые использует трифорс, чтобы откатить назад все нанесенные Ганоном разрушения (он так теперь будет часто делать). Далее в Link's Awakening приключения Линка [4] во сне. И потом он ([4]) еще раз забивает Ганона в Oracle of Seasons и Oracle of Ages

Таймскип. Проходит война между странами Хайрул и Лерул. Последние отвоевывают себе треть трифорса, а потом в A Link Between Worlds оттуда еще приходит колдунья по имени Юга и хочет собрать трифорс целиком и пробудить Ганона, но огребает от Линка [5]. Потом тот же Линк [5] в Tri Force Heroes расколдовывает принцессу страны Хайтопия.

Таймскип. Хайрул хиреет. Трифорс расфигачивают на кучу осколков и в оригинальной первой части The Legend Of Zelda Линк [6] эти куски собирает. И потом он [6] продолжает их собирать (на этот раз ради спасения Зельды) в The Adventure of Link.

После победы над Ганоном в Ocarina Of Time Линк [3] отправляется путешествовать по миру и в Majora's Mask проваливается в стремный обреченный мир-сон, на который падает орущая луна и в результате толи [3] этот мир спасает, толи не спасает, но короче просыпается.

А Ганондорфа ссылают в Сакред Релм, потому что как известно если злодей хочет макгаффин, то очевидно нужно его рядом с этим макгаффиным и запереть. После таймскипа в Twilight Princess Ганондорф весь Сакред Релм захватывает, потом оттуда целой армией тьмы возвращается в Хайрул и очередной Линк [7] вместе с принцессой Сакред Релма оба мира отбивают.

Таймскип. Four Swords Adventures Снова пробуждается Ваати, снова хочет пробудить Ганона, снова огребает от очередного Линка [8].

В этой линии Ганона не просто завалили, а запечатали внутри замка и плюс для большей сохранности еще накрыли всю планету великим потопом, так что Хайрула больше нет, есть островки с разными нациями.

Это конечно не помогает и после таймскипа Ганон возвращается королем пиратов и в The Wind Waker очередной Линк [9] его валит, после чего [9] с очередной Зельдой основывают на крупном острове новый Хайрул. Там же в Phantom Hourglass приключения [9] в очередном мире-сне.

Таймскип. Spirit Tracks Новый демон (Малладус) заваливаем новым Линком [10].

Проходят вот чуть ли не миллионы лет после любой из веток, Хайрул становится крутой техногенной цивилизацией, настраивает армию боевых роблотов, тут вылезает Ганон (который к этому моменту уже потерял разум и стал просто духом зла), этих роботов инифицирует, заваливает всех и очередного Линка [11].

Проходит еще 50 тысяч лет. На обломках техногенного Хайрула вырастает фентезевый. Тут события Hyrule Warriors: Age of Calamity, потому что Хайрульцы от большого ума выкапывают древних роботов, эти роботы кидаются всех убивать, Линк [12] ранен и положен в криованну, Зельда запечатывает Ганона в замке и остается на сто лет тусоваться с ним, остальные умирают.

Еще плюс сто лет. Breath of the Wild Восстановившийся Линк [12] вылезает из криокамеры и Ганона добивает.

Это конечно нифига не линия, т.к. все это неканон. Короче просто перечисляю, что тут еще есть:
Zelda (Game & Watch)
Link: The Faces of Evil
Zelda: The Wand of Gamelon
Zelda's Adventure
BS Zelda no Densetsu
BS Zelda no Densetsu Inishie no Sekiban
Freshly-Picked Tingle's Rosy Rupeeland
Tingle's Balloon Fight DS
Link's Crossbow Training
Dekisugi Tingle Pack
Irozuki Tincle no Koi no Balloon Trip
Hyrule Warriors
Cadence of Hyrule: Crypt of the NecroDancer featuring The Legend of Zelda

Плюс там мультсериал, комиксы, все это неканон.